Contenido del curso
Sección Informativa
Familiarízate con las ventajas que trae el estudiar en masterX
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Módulo 1: Proyectos de RStudio
La base de todo reporte científico es la creación de un proyecto de RStudio. Con el podrás producir tu documento final, además de que es la vía para subir dicha información posteriormente a GitHub
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Módulo 2: Documentos en RStudio
Conoce todas las posibilidades creativas que te ofrece RStudio. Si solo utilizas R scripts te sorprenderá todo lo que podrás lograr con un R Markdown o un documento de Quarto.
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Material suplementario
Aquí encontrarás recursos que te serán de mucha ayuda en el manejo de RStudio para producción de archivos
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Certificación
Resuelve el examen o tarea para demostrar que lograste expandir tus conocimientos, y obtén el certificado del curso.
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Privado: Herramientas de reporte científico con RStudio y Github

Secciones del vídeo

  • 00:05 Reportes PDF con Quarto: definición del YAML
  • 04:18 Reportes PDF con Quarto: configuración del contenido
  • 13:34 Reportes PDF con Quarto: colocar las referencias bibliográficas

YAML Documento PDF

El siguiente YAML contiene los argumentos recomendados para el formato de salida Diapositiva Beamer (PDF). No obstante, si tienes conocimientos más avanzados de LaTeX, puedes colocar los paquetes o códigos que necesites utilizando el parámetro header-includes (respetando siempre la identación mostrada: ver abajo la sección “Formato diapositiva Beamer”, siendo importante incluir los símbolos | y ).

 

[code_block lang=”YAML”]

title: “FISH paper – reanalysis (Modificado)”
author: “Irwing S. Saldaña”
format:
beamer:
fontsize: 8pt
fig-align: center
aspectratio: 169
slide-level: 2
theme: CambridgeUS
colortheme: dolphin
fonttheme: structurebold
header-includes: |
usepackage{ragged2e}
usepackage[backend=biber]{biblatex}
setbeamertemplate{footline}[page number]
setbeamersize{text margin left=10mm,text margin right=10mm}
AtBeginEnvironment{CSLReferences}{small}
bibliography: referencias.bib
biblio-style: nature-geoscience.csl

[/code_block]

 

Los argumentos del YAML que tienen opciones diferentes a true, false, números o archivos son los siguientes. Selecciona un tipo de documento con documentclass, el tamaño de la hoja con papersize o el lenguaje del resultado final con lang (esto no traduce el documento):

  • documentclass: article, report, book,scrartcl, scrbook, scrreprt.
  • papersize: letter, a0, a1, a2, a3, a4, a5.
  • lang: es, en.

 

Convertir tabla HTML a tabla LaTeX

Para convertir la tabla HTML de un modelo estadístico, exportada por la función sjPlot::tab_model() hacia una tabla de LaTeX, se requieren los siguientes códigos de conversión. En particular, le pediremos a sjPlot::tab_model() que genere un archivo HTML conteniendo a la tabla, para luego cargar dicho archivo en RStudio con readHTMLTable(), convertir su formato hacia un tibble, rellenar los NA con un carácter en blanco (comillas vacías) con tables2[is.na(tables2)] <- "", y finalmente mostrarla en el documento con knitr::kable(table2, format = "pipe").

 

[code_block lang=”R”]
# Modifica la función de tab_model() del
# chunk tbl-resumen-modelo1 colocando el
# argumento en amarillo
tab_model(wt1.mod, show.ci = FALSE,
dv.labels = “Distancia de los Alelos”,
string.pred = “Variables Predictoras”,
file = “tabs/modelo1.html”)
# Pegar este código en el chunk de instalaciones
# (y ejectuar antes de renderizar)
install.packages(“rlist”)
install.packages(“XML”)
# Pegar este código en el chunk tbl-resumen-modelo1
# (y no ejecutar. La ejecución se realizará al renderizar)
tables %
as.matrix() %>%
as_tibble()
tables2[is.na(tables2)] <- ""
knitr::kable(tables2, format = "pipe")
[/code_block]

Si deseas que la tabla se muestre en español, es necesario hacer todos los pasos previos por fuera del documento de Quarto, empleando un sencillo R Script. En él realizarás el proceso de conversión de HTML a tibble. Posteriormente, emplea algún código de exportación de tibble a excel, csv o txt como openxlsx::write.xlsx(). Cuando tengas la tabla exportada como excel, ábrela y modifica el idioma manualmente. Una vez terminada la traducción, guarda el archivo y cargalo en RStudio con una función de carga como la siguiente:  openxlsx::read.xlsx(). En este punto, ya tienes la tabla en tu ambiente, solo queda desplegarla en el documento PDF con knitr::kable(MI_TABLA, format = "pipe").

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